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2009年2月11日，国家海关总署、财政部、国家税务总局和国家外汇管理局联合批准设立南宁保税物流中心。南宁保税物流中心位于南宁市南面，五象新区西南端，是中国—东盟国际物流基地的核心建设项目，规划总面积53.55公顷，一期规划建设封关面积29.29公顷。
2009年12月22日，南宁保税物流中心顺利通过了国务院联合验收组验收，创造了我国保税物流体系建设的“三个第一”：一是从项目开工建设到验收仅用了208天，时间最短；二是创造了平均2.6天建设一层楼的“北部湾速度”，速度最快；三是中心的建成将成为我国西南地区最大的“无水港”。 2010年1月7日，在中国—东盟自由贸易区建成论坛期间，南宁保税物流中心正式揭牌。7月26日，南宁保税物流中心正式运营。
南宁保税物流中心涵盖保税仓储、转口贸易与国际中转、简单增值加工、物流信息平台、配套服务等五大功能。开展的业务主要有：一、保税存储进出口货物及其他未办结海关手续货物；二、对所存货物开展流通性简单加工和增值服务；三、全球采购和国际分拨、配送；四、转口贸易和国际中转；五、经海关批准的其他国际物流业务。在中心开展的业务可享受保税、退税、免税等优惠政策。
南宁市人民政府于2009年10月6日成立了南宁综合保税区筹备工作领导小组，并于2009年11月11日成立南宁保税物流中心管理委员会，统一负责保税物流中心的行政管理、日常事务管理和执法监管，协调保税物流中心政策的实施，推动保税物流中心的功能开发和营运发展，并加快南宁保税物流中心向综合保税区过渡。
南宁保税物流中心的设立，将港口的保税功能区延伸到南宁，与此前已获批准设立的钦州保税港区、凭祥综合保税区和北海出口加工区拓展的保税物流功能一起，共享“一港”待遇，构建起较为完善的广西北部湾经济区保税物流体系。它的建成，必将进一步凸显南宁市作为华南经济圈、西南经济圈和中国—东盟经济圈交汇点的核心城市地位和作用，成为助推南宁加快建设区域性“三基地三中心”，构建区域性国际城市的强大“引擎”。
南宁保税物流中心二期基础设施工程建设是2010年五象新区开发攻坚战的重点和亮点，规划面积24.26公顷，总投资2.5亿元，主要包括路场及附属设施工程、冷库工程和展示中心。该工程预计将在2010年10月竣工。其中展示中心已于2010年4月18日封顶；冷库工程1＃库已于2010年4月30日竣工，将于6月正式投入使用。在建中的冷库工程1—4＃冷库总库容量高达5万吨，建成后将成为我国西南地区最大的冷链物流枢纽基地。
